兽药：兽药主要分为四类：一般疾病防治药，传染病防治药，体内、体外寄生虫病防治药，促生长药。兽药残留是指用药后蓄积或存留于畜禽机体或产品(如鸡蛋、奶品、肉品等)中原型药物或其代谢产物，包括与兽药有关的杂质的残留。由于养殖人员对科学知识的缺乏以及一味地追求经济利益，致使滥用兽药现象在当前畜牧业中普遍存在。尤其在水产品和畜禽养殖过程中，由于在饲料中兽药的不当使用，造成兽药残留超标。关于兽药残留限量，不同标准、不同国家的规定也有不同，我国主要根据《兽药管理条例》和《动物性食品中兽药z高残留限量》，有行标规定的先按照行标实施。

　　农药：农药种类非常繁多，主要有有机磷、氨基甲酸酯、有机氯和菊酯类农药。农药残留是指按照良好的农业生产规范，直接或间接使用农药后，在食品和饲料中形成的农药残留物的z大浓度。关于农药残留限量，我国主要根据《食品中农药z大残留限量》(GB 2763)。

　　微生物：微生物包括细菌、病毒、真菌、和少数藻类等。致病微生物及毒素引起的食源性疾病是威胁食品安全的z主要因素。关于微生物的限量我国主要根据中国《食品微生物限量规定》。

　　食品添加剂和违禁添加物：食品添加剂是为改善食品色、香、味等品质，以及为防腐和加工工艺的需要而加入食品中的化合物质或者天然物质。违禁物则是有较大毒性，禁止添加到食品中的物质。我国主要根据《食品添加剂使用卫生标准》(GB 2760)和《食品中污染物限量》(GB 2762)。

　　营养物质：营养物质主要包括脂肪、蛋白质、糖类、核酸、维生素、稀有金属等，不同的食品均有其标志性营养成分。国家的卫生标准按照食品的种类对于食品中的营养物质均作了z低含量规定。